กลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2532 จากการประชุมร่วมกันของคณบดีคณะแพทยศาสตร์ทั้ง 7 สถาบัน (ได้แก่ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล, คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่, คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล, คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น, คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และคณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ)  และผู้อำนวยการวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า ซึ่งเป็นโรงเรียนแพทย์ทั้งหมดที่มีอยู่ในขณะนั้น โดยมีวัตถุประสงค์แรกเริ่มดังต่อไปนี้

1. เพื่อส่งเสริมและพัฒนาการศึกษา วิจัย และบริการด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพในทุกระดับ ให้สอดคล้องและสนองตอบต่อนโยบายและปัญหาการสาธารณสุขของประเทศ
2. เพื่อเป็นศูนย์ประสานงานและแลกเปลี่ยนความรู้วิชาการด้านการศึกษาแพทยศาสตร์และศาสตร์ที่เกี่ยวข้อง
3. เพื่อสนับสนุนและส่งเสริมการพัฒนางาน/บุคลากร และระบบข้อมูลกลางของงานทางด้านการแพทย์ การสาธารณสุข และวิทยาศาสตร์สุขภาพ
4. เพื่อเป็นแหล่งรวบรวมข้อคิดเห็นและเสนอต่อรัฐบาล และองค์กรที่เกี่ยวข้อง ในด้านการพัฒนาการศึกษาแพทยศาสตร์ วิทยาศาสตร์สุขภาพ และการสาธารณสุขของประเทศไทย

โดยในปีแรก (พ.ศ. 2532-2533) กลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทยมีแผนดำเนินงานดังนี้

1. จัดการประชุมสัมมนาเรื่องการพัฒนาแพทยศาสตรศึกษา ระหว่างสถาบันสมาชิก 2 ครั้ง เพื่อส่งเสริมความเข้าใจและความร่วมมือระหว่าง คณาจารย์ของสถาบันสมาชิก และเพื่อเรียนรู้ประสบการณ์ และแนวความคิดของกันและกัน
2. จัดการประชุมเชิงปฏิบัติการเพื่อพัฒนาทักษะในการบริหารองค์กรและวิชาการให้แก่คณาจารย์ของสถาบันสมาชิก 1-2 ครั้ง
3. จัดตั้งคณะกรรมการเฉพาะกิจ เพื่อพิจารณาเสนอแผนการดำเนินการเพื่อที่จะให้เกิดความร่วมมือระหว่างสถาบันสมาชิกในเรื่องระบาดวิทยา คลินิก ระบบข้อมูลข่าวสารทางการแพทย์ และการร่วมมือกับสถาบันการศึกษาแพทยศาสตร์และการสาธารณสุขอื่น ๆ เช่น คณะทันตแพทยศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์ คณะพยาบาลศาสตร์ เป็นต้น
4. ติดต่อร่วมมือกับสมาคมแพทย์ไทยในสหรัฐอเมริกา เพื่อหาวิธีการสนับสนุนให้คณาจารย์ในสถาบันสมาชิก ได้ไปฝึกอบรม ดูงาน ศึกษา และ/หรือทำการวิจัยในสถาบันแพทยศาสตร์ที่มีชื่อเสียงในประเทศสหรัฐอเมริกา

กลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย (กสพท) ดำเนินการโดย

• คณะกรรมการอำนวยการ ประกอบด้วย คณบดีคณะแพทยศาสตร์หรือสำนักวิชาแพทยศาสตร์ และผู้อำนวยการวิทยาลัยแพทยศาสตร์ รวมถึงกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิจำนวนไม่เกินกึ่งหนึ่งของจำนวนสถาบันสมาชิก และเลขาธิการกลุ่มสถาบันฯ ทำหน้าที่กำหนดนโยบาย แนวทางการดำเนินงาน พิจารณางบประมาณ และควบคุมการดำเนินงานด้านการเงินของ กสพท
• คณะกรรมการบริหาร ประกอบด้วย เลขาธิการกลุ่มสถาบันฯ รองเลขาธิการ และรองคณบดีที่กำกับดูแลด้านแพทยศาสตรศึกษาของสถาบันสมาชิกหรือผู้แทน สถาบันละ 1 คน มีหน้าที่ริเริ่ม และจัดเตรียมโครงการและกิจกรรมพิเศษของ กสพท เสนอแนะเรื่องที่เป็นประโยชน์ และดำเนินการในเรื่องที่ได้รับมอบหมายจากคณะกรรมการอำนวยการ
• คณะกรรมการดำเนินการโครงการ/เฉพาะกิจ ประกอบด้วย เลขาธิการกลุ่มสถาบันฯ หรือผู้แทน ร่วมกับกรรมการบริหารท่านอื่น และผู้ที่คณะกรรมการอำนวยการเห็นสมควร ให้มีหน้าที่ดำเนินการโครงการหรือกิจกรรมเฉพาะกิจที่ได้รับมอบหมายให้แล้วเสร็จ

นอกจากนี้ คณะกรรมการอำนวยการอาจแต่งตั้งผู้ทรงคุณวุฒิ และ/หรือผู้มีประสบการณ์ด้านต่าง ๆ เพื่อให้คำปรึกษาและแนะนำเกี่ยวกับการดำเนินการของ กสพท ได้ตามความเหมาะสม

เลขาธิการกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย เป็นผู้รับผิดชอบในงานทั้งสิ้นของ กสพท โดยมีคณะกรรมการอำนวยการเป็นฝ่ายกำหนดนโยบายและควบคุมงานในภาพรวม

 

กสพท ดำเนินการโดยรายได้จากค่าบำรุงและเงินสมทบค่าดำเนินการจากสถาบันสมาชิก เงินบริจาค หรือเงินสนับสนุนจากบุคคลหรือองค์กรต่าง ๆ ทั้งภายในและต่างประเทศ รวมทั้งรายได้หรือผลประโยชน์อื่น ๆ ที่คณะกรรมการอำนวยการเห็นสมควร

นับจากวันที่ก่อตั้งถึงปัจจุบัน กสพท มีสถาบันสมาชิกทั้งสิ้น 27 แห่ง ได้แก่

         โรงเรียนผลิตแพทย์ที่เป็นของรัฐบาล

1. คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล ม.มหิดล
2. คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
3. คณะแพทยศาสตร์ ม.เชียงใหม่
4. คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี ม.มหิดล
5. คณะแพทยศาสตร์ ม.สงขลานครินทร์
6. คณะแพทยศาสตร์ ม.ขอนแก่น
7. วิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า
8. คณะแพทยศาสตร์ ม.ศรีนครินทรวิโรฒ
9. คณะแพทยศาสตร์ ม.ธรรมศาสตร์
10. คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล ม.นวมินทราธิราช
11. คณะแพทยศาสตร์ ม.นเรศวร
12. คณะแพทยศาสตร์ ม.มหาสารคาม
13. สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ม.เทคโนโลยีสุรนารี
14. วิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุข ม.อุบลราชธานี
15. คณะแพทยศาสตร์ ม.บูรพา
16. สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ม.วลัยลักษณ์
17. คณะแพทยศาสตร์ ม.นราธิวาสราชนครินทร์
18. คณะแพทยศาสตร์ ม.พะเยา
19. สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ม.แม่ฟ้าหลวง
20. คณะแพทยศาสตร์ ส.เทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง
21. วิทยาลัยแพทยศาสตร์ศรีสวางควัฒน ราชวิทยาลัยจุฬาภรณ์
22. คณะแพทยศาสตร์ สถาบันพระบรมราชชนก
23. คณะแพทยศาสตร์ ม.เกษตรศาสตร์
24. วิทยาลัยแพทยศาสตร์นานาชาติจุฬาภรณ์ ม.ธรรมศาสตร์
    .
    โรงเรียนผลิตแพทย์ที่เป็นของเอกชน
    .
25. วิทยาลัยแพทยศาสตร์ ม.รังสิต
26. คณะแพทยศาสตร์ ม.สยาม
27. คณะแพทยศาสตร์ ม.กรุงเทพธนบุรี
28. คณะแพทยศาสตร์ ม.เวสเทิร์น