- เพื่อส่งเสริมและพัฒนาการศึกษา วิจัย และบริการด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพในทุกระดับ ให้สอดคล้องและสนองตอบต่อนโยบายและปัญหาการสาธารณสุขของประเทศ
.
- เพื่อเป็นศูนย์ประสานงาน เผยแพร่ และแลกเปลี่ยนความรู้วิชาการด้านการศึกษาแพทยศาสตร์ และศาสตร์ที่เกี่ยวข้อง ระหว่างสถาบันสมาชิกด้วยกัน และระหว่างสถาบันสมาชิกกับสถาบันที่เกี่ยวข้อง
.
- เพื่อดำเนินกิจกรรมที่เป็นประโยชน์ต่อการพัฒนากิจการด้านวิชาการแพทย์และสาขาวิชาการที่เกี่ยวข้อง เพื่อความก้าวหน้าของการศึกษาแพทยศาสตร์ วิทยาศาสตร์สุขภาพและการสาธารณสุขของประเทศ
.
- เพื่อเป็นแหล่งรวบรวมข้อคิดเห็นและเสนอต่อรัฐบาลและองค์กรที่เกี่ยวข้อง ในด้านการพัฒนาการศึกษาแพทยศาสตร์ วิทยาศาสตร์สุขภาพ และการสาธารณสุขของประเทศไทย
.
- เพื่อสนับสนุนและส่งเสริมการพัฒนางาน บุคลากร และระบบข้อมูลกลางของงานทางด้านการแพทย์ การสาธารณสุข และด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพ ให้ทันสมัย ก้าวหน้า และมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
.
- เพื่อเป็นสถาบันทางวิชาการและไม่เกี่ยวข้องกับการเมือง